广州市文物考古研究院于2020年12月起在地块范围内进行考古勘探，发现灰砂、房址等遗迹，经报请国家文物局同意后，对地块进行考古发掘，发掘面积5000平方米。此次考古出土铁炮、子弹壳、铁镣、玻璃试剂瓶等遗物103件（套）。

　　民国监狱遗存主要为平面呈“井”字形的牢房基址，可确认的监仓有132间，面积最大的10.4平方米，最小的4.3平方米，残存墙基最高约0.5米。

　　广州市文物考古研究院院长易西兵介绍，结合其所在位置、历史地图、形制结构特点，确认为民国南石头监狱的相关遗存。据文献记载，萧楚女、熊雄、刘尔崧、邓培等共产党员和一些革命志士曾被关押于此，后英勇就义。南石头监狱遗址的牢房、铁镣、子弹壳等遗迹遗物，是大革命失败后国民党反动派在广州关押、迫害、枪杀共产党员和革命志士的直接罪证，更是广大共产党员和革命志士为谋求自由解放开展艰苦革命斗争的鲜活物证。

　　此外，清代炮台遗存包括灰砂围墙、房基和铁炮等。易西兵介绍，结合文献记载，考古发现的炮台遗迹应为清代镇南炮台的一部分。相关遗迹遗物的发现，对清代广州城防江防史的研究具有较为重要价值。